Dem heiligen Petrus (Schutzpatron der Fischer) wurde diese katholische Kirche in der Magdeburger Altstadt geweiht. 1150 wurde der Grundstein, für die damals noch Dorfkirche Frose genannte Kirche, auf dem Petersberg gelegt. Zu ihren Füßen befand sich das Dorf Frosen und der Fischerhafen für die sie als Pfarrkirche diente.

1230 wurde das Dorf sowie die Kirche und die Neustadt von Truppen Kaiser Otto IV. zerstört. diese Zerstörung wurde jedoch gleich genutzt um die Stadt Magdeburg nach Norden hin zu erweitern. Die Kirche wurde an ihrem alten Platz wieder aufgebaut und 1258 erstmal urkundlich erwähnt.

Etwa 1400 wurde die Kirche zu eine dreischiffigen gotischen Hallenkirche umgebaut.

am 17.Juli 1524 wurde im Zuge der Reformation die erste evangelische Predigt in der Sankt Peters Kirche gehalten. 1546 erhielt die Kirche ihre erste Orgel die ursprünglich aus dem Kloster berge stammte.

Die durch den dreißigjährigen Krieg ausgebrannte und zerstörte Kirche wurde bis 1689 wieder aufgebaut. 1712 wurde das Kirchendach zu einem barocken Mansarddach umgebaut.

Im 2. Weltkrieg wurde die Kirche bis auf den Turm und die Eingangshalle fast komplett zerstört. Ab 1962 wurde die Kirche erst enttrümmert und dann wieder aufgebaut. Der Bildhauer Heinrich Apel erschuf 1968 viele Details der Inneneinrichtung.

Am 28. November 1999 erhielt die Kirche den Titel Universitätskirche.